THUVIEN.NET do các thành viên của mình quản lý. Cơ cấu quản lý của THUVIEN.NET bao gồm mạng CINET, Công ty Cổ phần Công nghệ Tinh Vân và những thành viên chính ban đầu (General Members) như Trung tâm Thông tin KH&CN Quốc gia, Thư viện Khoa học tổng hợp TP. Hồ Chí Minh, Trung tâm thông tin thư viện Đại học Quốc gia Hà Nội, Thư viện ĐH KHTN - Đại học Quốc gia TP. Hồ Chí Minh. Các General Members đảm nhiệm việc cung cấp thông tin, CSDL biên mục ban đầu, còn Công ty Cổ phần Công nghệ Tinh Vân chịu trách nhiệm về phần kỹ thuật công nghệ và tài chính để duy trì, phát triển THUVIEN.NET